Đây là hệ thống nền tảng và mang tính chất áp dụng chung cho các cơ sở chế biến thực phẩm được biết đến dưới tên gọi phổ biến là Thực hành sản xuất tốt (GMP - Good Manufacturing Practice). GMP giúp ngăn ngừa các mối nguy do tạp nhiễm, nhiễm chéo (từ con người, nhà xưởng, dụng cụ sản xuất sang thực phẩm và từ thực phẩm ở công đoạn này sang thực phẩm ở công đoạn khác) hay do sự phát triển của các mối nguy (chủ yếu là sinh học).

GMP đưa ra các quy định về việc đảm bảo vệ sinh trong sản xuất từ việc thiết kế nhà xưởng, yêu cầu đối với vật liệu xây dựng, làm dụng cụ, thiết bị, đến yêu cầu đối với hoạt động vệ sinh nhà xưởng, thiết bị, dụng cụ, vệ sinh thân thể người trực tiếp tiếp xúc với thực phẩm, nguồn nước, thông gió, kiểm soát động vật gây hại, xử lý chất thải… Theo GMP, quy trình sản xuất thực phẩm phải theo nguyên tắc một chiều để đảm bảo thực phẩm ở công đoạn sau không quay trở lại công đoạn trước để tránh nhiễm chéo. Các khu vực sản xuất được phân chia thành các vùng với mức độ sạch khác nhau theo thứ tự ưu tiên của các công đoạn. Môi trường sản xuất phải đảm bảo thông khí và khi cần thì phải được lọc khí một cách thích hợp. Vật liệu để làm nhà xưởng, dụng cụ, thiết bị phải đảm bảo dễ dàng làm sạch và ngăn ngừa sự tạp nhiễm vào thực phẩm (ví dụ các bóng đèn cần có chụp thích hợp để ngăn ngừa các mảnh vỡ của bóng đèn rơi vào thực phẩm). Ở những khu vực thích hợp thì nhiệt độ, độ ẩm, ánh sáng của môi trường cần được bố trí để ngăn ngừa sự phát triển của vi sinh vật. Phải có chương trình/thủ tục (SOP) làm sạch môi trường, nhà xưởng, thiết bị, dụng cụ, vệ sinh cá nhân một cách định kỳ cũng như trước và sau khi chế biến. Các SOP này cần được kiểm tra xác nhận để đảm bảo chúng đáp ứng mục tiêu đảm bảo vệ sinh.